Genética e Genômica Evolutiva
Coordenadora: Mariana Pires de Campos Telles (PUCGO/UFG)
A área de genética engloba um arcabouço teórico e metodológico que vem se desenvolvendo desde o início do século 20, passando por numerosas transformações e aprimoramentos. Assim, uma grande quantidade de abordagens e metodologias para análises genéticas estão disponíveis para investigação científica em diferentes áreas das ciências. A partir do início do século 21, a área de genômica avançou de forma bastante acelerada em função da grande disponibilidade de metodologias de sequenciamento de DNA e obtenção de dados genômicos em larga escala. Com isso, foi possível ampliar de forma significativa este tipo de abordagem para estudos com espécies da biodiversidade, possibilitando usar diversas ferramentas moleculares para testar hipóteses e responder questões em muitas áreas dentro do contexto de ecologia, evolução e conservação. O grupo de trabalho em genética e genômica evolutiva do INCT em Ecologia, Evolução e Conservação da Biodiversidade (EECBio) está estruturada nas seguintes linhas de atuação: (1) Desenvolvimento de marcadores, genotipagem e novas metodologias em genética e genômica evolutiva; (2) Delimitação taxonômica, evolutiva e identificação de barreiras entre populações e espécies; (3) Ecologia molecular, genética forense e conservação; (4) Conectividade funcional e antropização da paisagem.
PROJETOS E OFICINAS
1) Genômica populacional de onça-pintada (Panthera onca), com foco no corredor do rio Araguaia e outras populações remanescentes do bioma Cerrado
Coordenador: Eduardo Eizirik (PUC-RS)
Equipe: Dra. Mariana Pires de Campos Telles (PUC-GO, UFG), Eduardo Eizirik (PUC-RS), Natália Mundim Tôrres (UFU), Fabiano Rodrigues de Melo (UFV), Cintia Targueta (DTI, EECBio), Rhewter Nunes (DTI, EECBio), Amanda Melo (C.Biol. UFG), Henrique V. Figueiró (DTI, EECBio), Gustavo L. Piña (Dout. Zoo, PUC-RS), Vera de Ferran (Dout. Zoo, PUC-RS), Fernanda J. Trindade (Mestr. Zoo, PUC-RS), Sarah D. Santos Mestr. Zoo, PUC-RS)
Resumo: A presente proposta representa a interação entre pesquisadores do GT em Genética e Genômica Evolutiva do INCT-EECBio e o Projeto Genoma da Onça-Pintada (www.jaguargenome.org). Tem como principal objetivo gerar dados em escala genômica de populações desta espécie presentes no bioma Cerrado, especialmente em áreas que compõem o corredor do rio Araguaia. Serão utilizadas amostras não-invasivas (fezes) coletadas em campo, e metodologias de última geração para caracterizar simultaneamente milhares de genes, através da captura e sequenciamento de grande parte do exoma (conjunto completo de genes codificadores de proteínas). Espera-se que o projeto forneça informações criticamente relevantes para compreender a história evolutiva e a conectividade atual destas populações, bem como sua relação demográfica (e diferenças adaptativas) com relação a outros biomas, especialmente Pantanal e Amazônia. Desta forma, o projeto espera contribuir com informações abrangentes, geradas a partir de metodologias de ponta, para o delineamento e implementação de estratégias eficazes para a conservação desta espécie nestas regiões.
2) Recursos genômicos de Caryocar brasiliense (Caryocaraceae): modelo para estudos de adaptação no Cerrado
Coordenadora: Mariana Pires de Campos Telles (PUC-GO, UFG)
Equipe: Mariana Pires de Campos Telles (PUC-GO, UFG), Thannya Nascimento Soares (UFG), Lázaro José Chaves (UFG), Maria Emilia M. T. Walter (UnB), Rhewter Nunes (DTI, EECBio), Ariany Rosa Gonçalves (Dout PGBM, UFG), Stela Barros Ribeiro (Dout PGBM, UFG)
Resumo: Caryocar brasiliense é uma espécie vegetal neotropical nativa do Cerrado brasileiro comumente conhecida como “pequi” e possui uma grande popularidade sendo reconhecida como um dos símbolos da culinária do estado de Goiás. Ainda que C. brasiliense se apresente como um importante recurso genético do Cerrado, pouco se sabe sobre as composições genética e genômica dessa espécie. Nesse sentido, o objetivo desse trabalho é obter um genoma de referência para C. brasiliense. Além disso, também são objetivos desse trabalho obter recursos genômicos importantes como um transcritoma de referência, sequências de elementos genômicos repetitivos e de microssatélites. Todo esse acúmulo de informação é de extrema importância para o desenvolvimento de trabalhos estratégicos envolvendo ecologia, genética/genômica da conservação e de populações e melhoramento genético.
3) Caracterização da microbiota de solo em “campos rupestre” no bioma Cerrado por DNA Ambiental (eDNA)
Coordenadora: Mariana Pires de Campos Telles (PUC-GO, UFG)
Equipe: Mariana Pires de Campos Telles (PUC-GO, UFG), Thannya Nascimento Soares (UFG), Lázaro José Chaves (UFG), Rhewter Nunes (DTI, EECBio), Geraldo W. Fernandes (UFMG)
Resumo: O uso do eDNA metabarcoding permite uma análise eficiente da biodiversidade, auxiliando na estimativa de riqueza, abundância e filogenia das espécies. Essa técnica classifica sequências em Unidades Taxonômicas Operacionais Moleculares (MOTUs), comparando-as com bancos de dados genéticos, como Greengenes e UNITE, facilitando o monitoramento ambiental e a conservação de ecossistemas. No Cerrado, um bioma prioritário para conservação, as áreas de “campos rupestres” apresentam atributos edáficos e climáticos que influenciam a vegetação e a composição microbiota, especialmente fungos endofíticos e micorrízicos arbusculares (AMF), importantes para a nutrição e defesa das plantas. Este projeto do EECBio visa padronizar protocolos de eDNA metabarcoding no Cerrado, com foco em “campos rupestres” de Goiás e Minas Gerais. Amostras ambientais coletadas em áreas protegidas serão analisadas para avaliar a diversidade biológica da microbiota do solo, correlacionando-a com fatores abióticos. Marcadores como o gene 16S rRNA para procariotos e a região ITS para fungos serão utilizados, com sequenciamento Illumina e análises em QIIME. Atributos taxonômicos, curvas de rarefação e diversidade alfa e beta serão avaliados. Essa abordagem inovadora integrará metodologias moleculares e ecológicas, fornecendo subsídios para estratégias de conservação e manejo da biodiversidade do Cerrado.
4) Novos Avanços em Genômica Populacional
Coordenadora: Thannya Nascimento Soares (UFG)
Equipe: Eduardo Eizirik (PUC-GO), Sandro Bonato (PUC-GO), Mariana Pires de Campos Telles (PUC-GO, UFG), Lázaro José Chaves (UFG), Rhewter Nunes (DTI, EECBio)
Resumo: Os avanços nos métodos de sequenciamento e a redução de custos têm revolucionado os estudos de Biodiversidade ao viabilizar análises em espécies “não-modelo”. Esse progresso ampliou a capacidade de investigar questões complexas em Biologia Evolutiva, anteriormente limitadas pelos marcadores moleculares clássicos. A Genética de Populações tem sido gradualmente “substituída” pela Genômica de Populações, que utiliza SNPs para análises mais detalhadas, especialmente no sentido de diferenciar padrões neutros e adaptivos ao longo do genoma e como essas regiões se distribuem geograficamente. Paralelamente, a Genômica Comparada permite compreender processos de diversificação e detectar eventos de hibridação ou introgressão entre espécies próximas. No entanto, a rápida expansão da Genômica trouxe desafios na escolha de métodos de genotipagem e análises de dados, devido à variedade de abordagens disponíveis. O uso de genomas completos ou técnicas de genotipagem específicas depende das questões biológicas e das espécies em estudo, exigindo decisões criteriosas. Além disso, as análises genômicas demandam ferramentas e conhecimentos diferentes dos utilizados para marcadores moleculares clássicos. Diante disso, pesquisadores e laboratórios do GT em Genética e Genômica propõem um workshop para trocar experiências e definir as metodologias mais adequadas para estudos genômico-evolutivos. O foco inclui história demográfica, adaptação local, seleção natural, especiação e hibridação em espécies não-modelo, fortalecendo a integração e o desenvolvimento do grupo.
Projetos Associados:
Genética Geográfica de Stryphnodendron adstringens Mart. (Fabaceae) (“Barbatimão”): Estrutura Populacional, Mudanças Climáticas e Prioridades para Conservação no Cerrado (José Alexandre Felizola Diniz Filho, Mariana Pires de Campos Telles, Lazaro Jose Chaves, Thannya N Soares, Matheus de Souza Lima-Ribeiro (UFJ), Levi Carina Terribile (UFJ), Bianca Waleria Bertoni (UNAERP), Ana Maria Soares Pereira (UNAERP), Maria Emília Machado Telles Walter (UNB); Universal CNPq / FAPEG)
Hibridação interespecífica em espécies de Petunia (Solanaceae) (Loreta B. Freitas (UFRGS, Alice Backes da Rosa (DTI/EECBio), Sandro L. Bonatto (PUC-RS); CNPq, PRONEX-CNPq/FAPERGS)
Identificação de barreiras entre populações e espécies de plantas do Cerrado: uma abordagem integrada (Thannya Nascimento Soares (UFG), Marcos José da Silva (UFG), Lázaro José Chaves (UFG), Rosane Garcia Collevatti (UFG), Vidal de Freitas Mansano (JBRJ); CHAMADA PÚBLICA N° 07/2016 - PRONEM/FAPEG/CNPq)
Conectividade Funcional e Antropização da Paisagem: Estudo de Caso na FLONA Silvânia e Microbacia do Rio Vermelho (Rosane G. Collevatti, UFG, Rogério Pereira Bastos, UFG, José Alexandre F Diniz-Filho, UFG, Mariana P C Telles, PUC-GO, UFG, Thannya N Soares, UFG, Daniela de Melo Silva UFG, Natan M Maciel UFG, Levi Carina Terrible UFJ, Matheus Souza Lima-Ribeiro, UFJ, Nelson Jorge da Silva Jr., PUC-GO, Wilian Vaz Silva, PUC-GO, João Carlos Nabout, UEG, Milton Ribeiro (UNESP); CNPq/Capes/FAPs/BC-Fundo Newton/PELD nº 15/2016)
Núcleo de excelência em Ecologia Molecular, Genética Forense e Conservação (BioEMFoCo) (Mariana Pires de Campos Telles, PUC-GO/UFG, Eduardo Eizirik PUC-RS, Wilian Vaz Silva, PUC-GO; Nelson Jorge da Silva Júnior, PUC-GO) (CHAMADA PÚBLICA: Nº. 06/2016 –PRONEX/FAPEG/CNPq)