Facilities

 

CLUSTER PARA COMPUTAÇÃO DE ALTO DESEMPENHO 

(Laboratório de Ecologia Teórica & Síntese, UFG)

A "cluster" de computadores do Laboratório de Ecologia Teórica & Síntese (LETS) do ICB/UFG, que tem atendido demandas de processamento de alto desempenho. Em 2018, houve uma expansão dos recursos computacionais da cluster, incorporando um sistema de containers, facilitando a incorporação de novas máquinas ao sistema. Em 2019 foi incorporado à cluster um servidor de arquivos NAS com oito discos rígidos de 10 Tb e a partir de 2021 foram adquiridos novos servidores de alto desempenho, com > 144 threads de processamento, memória RAM de 1,48 Tb e oito discos rígidos de 1,8 Tb cada, atendendo atualmente a demanda de mais de 100 pesquisadores em todo o país. Em 2024 está sendo realizada uma revisão geral das máquinas mais antigas, atualizando todo o sistema, com recursos adicionais ao EECBio concedidos pelo CNPq.

 

MANUAL DE UTILIZAÇÃO DA "CLUSTER" DO LETS

(Principalmente para aplicações de paralelização em R)

 

 

 

LABORATORIO DE GENÉTICA & BIODIVERSIDADE (UFG)

O Laboratório de Genética & Biodiversidade (LGBio) possui equipamentos de última geração que permitem desenvolver e aplicar ferramentas genéticas e genômicas, incluindo sequenciamento de nova geração (NGS) utilizando-se as plataformas MiSeq (Illumina) e MinION M1KC (Nanopore). Além das suas próprias atividades de pesquisa, o LGBio estabeleceu diversas parcerias, como por exemplo, com o Centro de Triagem de Animais Silvestres (CETAS/IBAMA) de Goiânia, para desenvolvimento e padronização de ferramentas moleculares para auxiliar na conservação e no combate ao tráfico de animais silvestres. Outro exemplo é a parceria com pesquisadores de nutrição animal da UFG e da empresa Koneksi Inovação Agro LTDA. Em 2020, o LGBio recebeu recursos da FAPEG para vigilância genômica do SARS-CoV-2, sendo realizadas 28 rodadas de sequenciamento na plataforma Miseq da Illumina, analisando amostras de ~ 2300 pacientes e contribuindo de forma significativa para a identificação das variantes de SARS-CoV-2 circulando em Goiás até início de 2023. Ainda durante a pandemia, o LGBio integrou a REDE SEQV-BR, financiada pelo Magazine Luiza. Com este financiamento foi adquirido um novo sequenciador MinION M1kc para identificação de variantes do SARS-CoV-2, capacitando o grupo na utilização de outra tecnologia de NGS. Assim, a partir da consolidação do LGBio e da expertise dos seus pesquisadores, a FAPEG aprovou, em 2024, a criação e apoio ao Centro de Excelência em Genética e Genômica (CEGGen) sediado na PUC-Goiás. O CEGGen tem como objetivo desenvolver tecnologias genômicas inovadoras para fomentar áreas estratégicas, como saúde humana e animal, agricultura sustentável, bioeconomia e conservação da biodiversidade. Nesta proposta, o LGBio (assim como o CEGGen) apoiarão principalmente os objetivos específicos 4-7, considerando seus objetivos mais diretamente ligados à análises genéticas e genômicas.   

 

 

ecoClimate

(Laboratório de Macroecologia, Universidade Estadual de Jatai)

o ecoClimate é um repositório de dados climáticos/ambientais de livre acesso para pesquisadores das áreas de ecologia, macroecologia e biogeografia. A partir de junho de 2023, com apoio do EECBio, o ecoClimate passou a ser hospedado no Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC), o que promoveu sua institucionalização, melhorando a segurança, dando maior visibilidade e utilização à plataforma. O ecoClimate oferece um conjunto de simulações climáticas para o passado, presente e futuro, em extensão global, processadas a partir de múltiplos Modelos de Circulação Geral Atmosfera-Oceano. Atualmente estão sendo derivadas projeção da fase 6 do CMIP (CMIP6), com camadas climáticas até 2300 e projeções de mudança no uso e cobertura do solo. O ecoClimate vem sendo gradualmente desenvolvido e ampliado pelos vários projetos em rede dos grupos de pesquisa da UFJ e UFG, com parcerias internacionais, iniciando na Rede de Pesquisa GENPAC (2010-2015) e mais recentemente o INCT EECBio. O ecoClimate é, assim, uma ferramenta importante de cooperação entre os grupos de pesquisa envolvidos.

 

 

 

ESTAÇÃO PARA EXPERIMENTOS EM MESOCOSMOS 

(Universidade Estadual de Goiás, UEG) 

Os recursos da FAPEG e CNPq destinados ao INCT EECBio foram utilizados para construir uma estação experimental para estudos de ecossistemas aquáticos em mesocosmos na Universidade Estadual de Goiás (UEG) em Anápolis. A estação experimental possui uma área total de 936 m2, contendo 80 caixas d'água de 500 litros enterradas no nível do solo. A área ainda conta com um container de 12 m de comprimento usado como almoxarifado. Diversas dissertações e teses têm sido desenvolvidas na estação. Em 2024, a estação passou por uma manutenção e atualização extensa com recursos adicionais do CNPq para manutenção de equipamentos. É importante destacar que, a partir da consolidação do grupo de pesquisa em Ecologia Aquática do INCT EECBio e do PPG em Recursos Naturais do Cerrado (RENAC) da UEG, foi aprovada pela FAPEG em 2024 a criação do "Centro de Excelência em Segurança Hídrica do Cerrado (CEHIDRA CERRADO)", que também contribuirá com o desenvolvimento dos projetos do INCT EECBio. Em um novo ciclo do EECBio será proposta uma expansão do modelo da estação da UEG para pelo menos outras 5 regiões do país, estando a estação na UFRGS em fase de implementação com recursos do CNPq.